rsync でやります。いくつかのディレクトリを --exclude で除外します。
$ rsync -av --force --hard-links --delete \
--exclude=/export \
--exclude=lost+found \
--exclude=/media \
--exclude=/mnt \
--exclude=/net \
--exclude=/tmp \
--exclude=/sys \
--exclude=/proc \
--exclude=/var/tmp \
/ \
/mnt/hd/hdc1